D'après ce que j'ai compris, ça implique d'eteindre ses serveurs tous les 90 jours...

Non. apache2ctl reload ou nginx -s reload suffit.

ET d'installer le certificat partout (apache etc)

Oui et ?

L'intérêt c'est que le faire à la main tous les 90 jours c'est tellement relou que ça va être forcément automatisé. Et une fois que c'est automatisé on peut ne plus trop s'en préoccuper.

Les grosses boites continueront d'acheter des certificats valides plus de 5 ans et d'avoir une procédure de changement de certificat. Les autres auront un cronjob.